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dc.contributor.authorSalcedo-Cifuentes, Mercedeses_ES
dc.contributor.authorDomínguez, Martha Ces_ES
dc.contributor.authorGarcía-Vallejo, Felipees_ES
dc.date.accessioned2015
dc.date.available2015
dc.date.issued2011es_ES
dc.identifier.citationSalcedo-Cifuentes, Mercedes,Domínguez, Martha C,García-Vallejo, Felipe (2011) Epidemiología genómica y paraparesia espástica tropical asociada a la infección por el virus linfotrópico humano de células T tipo 1. Rev Panam Salud Publica;30(5) 422-430,nov. 2011. Retrieved from http://www.scielosp.org/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1020-49892011001100004es_ES
dc.identifier.urihttp://www.scielosp.org/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1020-49892011001100004es_ES
dc.identifier.urihttps://iris.paho.org/handle/10665.2/9446
dc.format.extentiluses_ES
dc.format.extenttabes_ES
dc.relation.ispartofseriesRev Panam Salud Publica;30(5),nov. 2011es_ES
dc.subjectVirus 1 Linfotrópico T Humanoes_ES
dc.subjectIntegración virales_ES
dc.subjectLinfocitoses_ES
dc.subjectGenoma Humanoes_ES
dc.subjectParaparesia espßstica tropicales_ES
dc.subjectEpidemiología Moleculares_ES
dc.subjectColombiaes_ES
dc.subjectHuman T-Lymphotropic virus 1en_US
dc.subjectVirus integrationes_ES
dc.subjectLymphocyteses_ES
dc.subjectGenomees_ES
dc.subjectHumanes_ES
dc.subjectParaparesises_ES
dc.subjectTropical spastices_ES
dc.subjectMolecular epidemiologyes_ES
dc.subjectColombiaes_ES
dc.subjectGenoma Humanoes_ES
dc.subjectVírus 1 Linfotrópico T Humanoes_ES
dc.subjectParaparesia Espástica Tropicales_ES
dc.subjectProviruses_ES
dc.subjectSequências Repetidas Terminaises_ES
dc.subjectIntegração Viralpt_BR
dc.subjectMapeamento Cromossômicoes_ES
dc.subjectCromossomos Humanoses_ES
dc.subjectColômbiaes_ES
dc.subjectIlhas de CpGes_ES
dc.subjectDNA Recombinantees_ES
dc.subjectParaparesia Espástica Tropicales_ES
dc.subjectParaparesia Espástica Tropicales_ES
dc.subjectRetroelementoses_ES
dc.subjectAlinhamento de Sequênciaes_ES
dc.subjectAnálise de Sequência de DNAes_ES
dc.subjectHomologia de Sequência do Ácido Nucleicopt_BR
dc.titleEpidemiología genómica y paraparesia espástica tropical asociada a la infección por el virus linfotrópico humano de células T tipo 1es_ES
dc.typeJournal articlesen_US
dc.rights.holderPan American Health Organizationen_US
dc.description.notesOBJETIVO: Caracterizar el ambiente genómico de las secuencias adyacentes al virus linfotrópico humano de células T tipo 1 (HTLV-1) en pacientes con paraparesia espßstica tropical y mielopatía asociada a la infección con HTLV-1 (PET/MAH) de diferentes regiones de Colombia y del Japón. MÉTODOS: Se enfrentaron 71 clones recombinantes con secuencias del genoma humano adyacentes al 5'-LTR de pacientes con PET/MAH, a las bases de datos del Genome Browser y del Gen-Bank. Se identificaron y analizaron estadísticamente 16 variables genómicas estructurales y composicionales mediante el programa informßtico R, versión 2.8.1, en una ventana de 0,5 Mb. RESULTADOS: El 43,0 por ciento de los provirus se localizaron en los cromosomas del grupo C; 74 por ciento de las secuencias se ubicaron en regiones teloméricas y subteloméricas (P 0,05). Un anßlisis de conglomerados permitió establecer las relaciones jerßrquicas entre las características genómicas incluidas en el estudio; el anßlisis de componentes principales identificó las componentes que definieron los ambientes genómicos preferidos para la integración proviral en casos de PET/MAH. CONCLUSIONES: El HTLV-1 se integró con mayor frecuencia en regiones de la cromatina ricas en islas de citocina fosfato guanina (CpG), de alta densidad de genes y de repeticiones tipo LINE (elemento disperso largo [long interspersed element]) y transposones de ADN que, en conjunto, conformarían los ambientes genómicos blanco de integración. Este nuevo escenario promoverß cambios sustanciales en el campo de la salud pública y en el manejo epidemiológico de las enfermedades infecciosas, y permitirß desarrollar potentes herramientas para incrementar la eficiencia de la vigilancia epidemiológica.(AU)es_ES
dc.description.notesOBJECTIVE: Characterize the genomic environment of the sequences adjacent to human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) in patients with HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) in different regions of Colombia and Japan. METHODS: A total of 71 recombinant clones with human genome sequences adjacent to 5' LTR in patients with HAM/TSP were compared to the Genome Browser and GenBank databases. Sixteen structural and compositional genome variables were identified, and statistical analysis was conducted in the R computer program, version 2.8.1, in a 0.5 Mb window. RESULTS: A total of 43.0 percent of the proviruses were located in the group C chromosomes; 74 percent of the sequences were located in the telomeric and subtelomeric regions (P 0.05). A cluster analysis was used to establish the hierarchical relations between the genome characteristics included in the study. The analysis of principal components identified the components that defined the preferred genome environments for proviral integration in cases of HAM/TSP. CONCLUSIONS: HTLV-1 was integrated more often in chromatin regions rich in CpG islands with a high density of genes and LINE type repetitions, and DNA transposons which, overall, would form the genomic environments targeted for integration. This new scenario will promote substantial changes in the field of public health and in epidemiological management of infectious diseases. It will also foster the development of powerful tools for increasing the efficiency of epidemiological surveillance.(AU)en_US


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