En diciembre de 1975, la OPS suscribió con el Gobierno de México un Convenio para la creación y el funcionamiento del ECO, como Centro Regional con sede en México. Como parte de este Convenio, el gobierno mexicano proporcionó el 29 de junio de 1980 las actuales instalaciones que albergan al ECO en la localidad de Rancho de Guadalupe, Metepec, Estado de México. Esto fue posible gracias al apoyo financiero del Gobierno del Estado. A partir de 1983, el Consejo Directivo de la OPS revisó los objetivos técnicos de los mandatos del ECO y confirió al Centro la responsabilidad de cooperar con los países miembros de la OPS en la evaluación epidemiológica y toxicológica de los efectos nocivos para la salud resultantes de la exposición a contaminantes ambientales, principalmente los derivados de la actividad industrial y agrícola. Como parte de dicho mandato se solicitó al ECO que desarrollara redes y apoyara a las instituciones nacionales involucrados en los temas señalados. Los esfuerzos se dirigieron inicialmente a mejorar el entendimiento de los problemas de salud ambiental emergentes, agudos o crónicos, que pueden afectar masivamente a la población. Se confirió especial atención a la evaluación de riesgos relacionados con la exposición a agentes químicos, así como a las intoxicaciones ocasionadas por el manejo inadecuado de plaguicidas, contaminación por residuos de metales y contaminación atmosférica entre otros.

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