SARS-CoV-2 surveillance in untreated wastewater: detection of viral RNA in a low-resource community in Buenos Aires, Argentina

Abstract

[ABSTRACT]. Objective. To measure SARS-CoV-2 RNA in sewage in a low-resource community in order to determine if it can be considered as an estimator of changes in the prevalence of COVID-19 in the population. Methods. In this descriptive observational study we collected samples of surface waters contaminated with sewage and optimized a method of purification of viral RNA using PEG concentration. We determined the amount of genetic material by quantitative real-time PCR using the CDC method for SARS-CoV-2 detection. Results. We quantified viral RNA in surface waters contaminated with sewage of a low resource community and determined that temporal trends of SARS-CoV-2 in wastewater samples mirrored trends in COVID-19 active cases. Conclusions. Measuring of SARS-CoV-2 RNA in sewage can be applied in low-resource communities without connection to sewers as an estimator of changes in the prevalence of COVID-19.

[RESUMEN]. Objetivo. Medir el ARN del SARS-CoV-2 en las aguas residuales de una comunidad de bajos recursos para determinar si se puede considerar un estimador de cambios en la prevalencia de la COVID-19 en la población. Métodos. En este estudio descriptivo de observación se tomaron muestras de las aguas superficiales contaminadas con aguas residuales y se optimizó un método de purificación del ARN viral mediante la concentración de polietilenglicol (PEG). Se determinó la cantidad de material genético por PCR cuantitativa en tiempo real empleando el método de los CDC para la detección del SARS-CoV-2. Resultados. Se cuantificó el ARN viral de las aguas superficiales contaminadas con aguas residuales de una comunidad de bajos recursos y se determinó que las tendencias temporales del SARS-CoV-2 en las muestras de aguas residuales reflejaban las tendencias en los casos activos de COVID-19. Conclusiones. La medición del ARN del SARS-CoV-2 en aguas residuales puede aplicarse en las comunidades de bajos recursos sin conexión al alcantarillado como un estimador de los cambios en la prevalencia de la COVID-19.

[RESUMO]. Objetivo. Medir o RNA do SARS-CoV-2 nas águas residuais de uma comunidade com poucos recursos, a fim de determinar se pode ser utilizado para estimar mudanças na prevalência de COVID-19 na população. Métodos. Neste estudo observacional descritivo, coletamos amostras de águas superficiais contaminadas com dejetos e otimizamos um método de purificação de RNA viral utilizando concentração de PEG. Determinamos a quantidade de material genético por PCR quantitativo em tempo real, usando o método do CDC para detecção de SARS-CoV-2. Resultados. Quantificamos o RNA viral em águas superficiais contaminadas com dejetos de uma comunidade com poucos recursos e determinamos que as tendências temporais do SARS-CoV-2 em amostras de águas residuais refletiam tendências de casos ativos de COVID-19. Conclusões. A mensuração do RNA do SARS-CoV-2 em águas residuais pode ser aplicada em comunidades com poucos recursos, sem ligação com a rede de esgoto, para estimar mudanças na prevalência de COVID-19.