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National surveillance of clinical isolates of Enterococcus faecalis resistant to linezolid carrying the optrA gene in Colombia, 2014-2019

dc.contributor.authorSaavedra, Sandra Yamile
dc.contributor.authorBernal, Johan Fabian
dc.contributor.authorMontilla-Escudero, Efrain
dc.contributor.authorTorres, German
dc.contributor.authorRodríguez, Mabel Karina
dc.contributor.authorHidalgo, María Victoria
dc.contributor.authorRivera, Sandra
dc.contributor.authorPerez-Gutierrez, Enrique
dc.contributor.authorDuarte, Carolina
dc.date.accessioned2020
dc.date.available2020
dc.date.issued2020
dc.identifier.citationSaavedra SY, Bernal JF, Montilla-Escudero E, Torres G, Rodríguez MK, Hidalgo AM, et al. Vigilancia nacional de aislamientos clínicos de Enterococcus faecalis resistentes al linezolid portadores del gen optrA en Colombia, 2014-2019. Rev Panam Salud Publica. 2020;44:e104. https://doi.org/10.26633/RPSP.2020.104en_US
dc.identifier.issn1680 5348
dc.identifier.urihttps://iris.paho.org/handle/10665.2/52679
dc.description.abstractObjetivo. Describir las características epidemiológicas, fenotípicas y genéticas de aislamientos clínicos portadores de optrA identificados en la vigilancia de resistencia antimicrobiana por el laboratorio del Instituto Nacional de Salud de Colombia. Métodos. Entre octubre de 2014 y febrero 2019, se recibieron 25 aislamientos de Enterococcus spp. resistentes al linezolid. La identificación y sensibilidad antimicrobiana se determinó con Vitek 2 y la concentración inhibitoria mínima (CIM) al linezolid se estableció con E-test. El gen optrA se detectó mediante PCR. La diversidad genética de aislamientos positivos para optrA se analizó con Diversilab®. Se seleccionaron seis aislamientos para llevar a cabo la secuenciación del genoma completo. Resultados. Se confirmó el gen optrA en 23/25 aislamientos de E. faecalis de siete departamentos de Colombia. Los aislamientos presentaron una CIM al linezolid entre 8 y >256μg/mL. La tipificación por Diversilab® indicó una amplia variabilidad genética. Todos los aislamientos analizados mediante secuenciación del genoma completo, presentaron genes de resistencia fexA, ermB, lsaA, tet(M), tet(L) y dfrG además de optrA y fueron negativos para otros mecanismos de resistencia al linezolid. Se identificaron tres secuencias tipos y tres variantes de optrA: ST16 (optrA-2), ST476 (optrA-5) y ST618 (optrA-6). El entorno genético de los aislamientos optrA-2 (ST16) presentó el segmento impB, fex, optrA, asociado a plásmido, mientras que en dos aislamientos (optrA-6 y optrA-5) se encontró el elemento cromosómico transferible Tn6674-like. Conclusión. Los aislamientos clínicos positivos para optrA presentan una alta diversidad genética, con diferentes clones y variantes de optrA relacionados con dos tipos de estructuras y diferentes elementos genéticos móviles.en_US
dc.description.abstractObjective. To describe the epidemiological, phenotypical and genetic characteristics of clinical isolates carrying the optrA gene identified in antimicrobial resistance surveillance by the laboratory of the National Institute of Health of Colombia. Methods. Between October 2014 and February 2019, 25 isolates of Enterococcus spp. resistant to linezolid were received. Antimicrobial identification and sensitivity were determined using Vitek 2 and the minimum inhibitory concentration (MIC) to linezolid was established with E-test. The optrA gene was detected by PCR, and the genetic diversity of optrA-positive isolates was tested with Diversilab®. Six isolates were selected to perform whole genome sequencing. Results. The optrA gene was confirmed in 23/25 isolates of E. faecalis from seven departments in Colombia. The isolates presented a MIC to linezolid between 8 and >256μg/mL. Typing by Diversilab® showed a wide genetic variability. All the isolates analyzed by whole genome sequencing showed the resistance genes fexA, ermB, lsaA, tet(M), tet(L) and dfrG in addition to optrA and were negative for other mechanisms of resistance to linezolid. Three type sequences and three optrA variants were identified: ST16 (optrA-2), ST476 (optrA-5) and ST618 (optrA-6). The genetic environment of the optrA-2 (ST16) isolates presented the impB, fex, optrA segment, associated with plasmid, while in two isolates (optrA-6 and optrA-5) the transferable chromosomal element Tn6674-like was found. Conclusion. OptrA-positive clinical isolates present a high genetic diversity, with different optrA clones and variants related to two types of structures and different mobile genetic elements.en_US
dc.language.isoesen_US
dc.relation.ispartofseriesRev Panam Salud Publica;44, sept. 2020
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 IGO*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/igo/*
dc.subjectEnterococcus faecalisen_US
dc.subjectLinezoliden_US
dc.subjectFarmacorresistencia Microbianaen_US
dc.subjectDrug Resistance, Microbialen_US
dc.subjectColombiaen_US
dc.titleVigilancia nacional de aislamientos clínicos de Enterococcus faecalis resistentes al linezolid portadores del gen optrA en Colombia, 2014-2019en_US
dc.titleNational surveillance of clinical isolates of Enterococcus faecalis resistant to linezolid carrying the optrA gene in Colombia, 2014-2019en_US
dc.typeJournal articlesen_US
dc.rights.holderPan American Health Organizationen_US
paho.articletypeOriginal researchen_US
paho.isfeatured0en_US
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.26633/RPSP.2020.104
paho.source.centercodeUS1.1en_US
dc.relation.ispartofjournalRevista Panamericana de Salud Públicaes_ES
dc.relation.ispartofjournalPan American Journal of Public Health


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