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dc.contributor.authorTaylor-Castillo, Lizethes
dc.contributor.authorLeón-Bratti, María Pazes
dc.contributor.authorSolano-Chinchilla, Antonioes
dc.contributor.authorHerrera-Martínez, Giselaes
dc.contributor.authorBoza-Cordero, Ricardoes
dc.contributor.authorLeón, Bernales
dc.contributor.authorLuftig, Ronald Bes
dc.contributor.authorVisoná, Kirstenes
dc.date.accessioned2015-08-25T14:56:00Z
dc.date.available2015-08-25T14:56:00Z
dc.date.issued2010es
dc.identifier.citationTaylor-Castillo, Lizeth,León-Bratti, María Paz,Solano-Chinchilla, Antonio,Herrera-Martínez, Gisela,Boza-Cordero, Ricardo,León, Bernal,Luftig, Ronald B,Visoná, Kirsten (2010) Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools. Rev Panam Salud Publica;27(1) 23-31,jan. 2010. Retrieved from http://www.scielosp.org/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1020-49892010000100004es
dc.identifier.urihttp://www.scielosp.org/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1020-49892010000100004es
dc.identifier.urihttp://iris.paho.org/xmlui/handle/123456789/9583
dc.format.extentiluses
dc.format.extentgrafes
dc.format.extenttabes
dc.relation.ispartofseriesRev Panam Salud Publica;27(1),jan. 2010es
dc.subjectHIV-1es
dc.subjectSequence analysises
dc.subjectRecombinationes
dc.subjectGenetices
dc.subjectGenetic Variationes
dc.subjectSoftwarees
dc.subjectCosta Ricaes
dc.subjectVIH-1es
dc.subjectAnálisis de Secuenciaes
dc.subjectRecombinación genéticaes
dc.subjectVariación Genéticaes
dc.subjectProgramas Informáticoses
dc.subjectCosta Ricaes
dc.subjectBiologia Computacionales
dc.subjectVariação Genéticaes
dc.subjectGenoma Virales
dc.subjectInfecções por HIVes
dc.subjectHIV-1es
dc.subjectFármacos Anti-HIVes
dc.subjectFármacos Anti-HIVes
dc.subjectTerapia Antirretroviral de Alta Atividadees
dc.subjectCosta Ricaes
dc.subjectGenes Enves
dc.subjectGenes Poles
dc.subjectInfecções por HIVes
dc.subjectInfecções por HIVes
dc.subjectInfecções por HIVes
dc.subjectHIV-1es
dc.subjectCooperação do Pacientees
dc.subjectFilogeniaes
dc.subjectRecombinação Genéticaes
dc.subjectAlinhamento de Sequênciaes
dc.subjectAnálise de Sequência de RNAes
dc.subjectComportamento Sexuales
dc.subjectSoftwarees
dc.subjectCarga Virales
dc.subjectAdulto Jovemes
dc.titleVariability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics toolses
dc.typeJournal Articlees
dc.description.notesOBJECTIVE: To estimate subtype and genomic variability in the HIV pol gene of Costa Rican patients by using different bioinformatics tools and to use this information to establish new policies to better manage these patients. METHODS: A total of 113 pol sequences available from Costa Rican patients under highly active antiretroviral therapy were analyzed by using the Genotyping, REGA, Stanford, and MEGA programs. The pol sequences came from 77 virologic failures (VF) and 36 basal samples (BS). Of the 77 VF, 22 also were sequenced in the env region. RESULTS: No major differences were found among the variables studied. However, there was a tendency for more variability in VF patients with a high baseline viral load. In the pol gene, 75 percent-83 percent of BS and 66 percent-75 percent of VF samples were pure B subtype by Genotyping and REGA, respectively. The other samples presented variations related mainly to circulating recombinant form CRF12 by genotyping or to CRF17 or -29 by phylogenetic analysis or a new possible BD recombinant with all programs. In the Stanford program, all variable samples showed a subtype B with high polymorphism. The variability in the env sequences was lower than that in the pol region. CONCLUSION: The B subtype is predominant in Costa Rican HIV-positive patients. There is high variability within sequences with potential recombination between B and F or D subtypes. The BD recombinant has not been previously reported. This high variability is likely the result of possible recombinant events, nonadherence to antiretroviral therapy, sexual intercourse without protection, and many sexual partners. Similar studies should be done in other countries in the Region, in particular in those places with extensive immigration, in order to decrease the possibility of virus variability as well as the cost of antiretroviral therapy.(AU)es
dc.description.notesOBJETIVOS: Determinar el subtipo y la variabilidad genómica del gen pol del VIH de pacientes costarricenses mediante diferentes herramientas bioinformáticas y el uso de esta información para establecer nuevas políticas para mejorar el diagnóstico y el tratamiento de estos pacientes. MÉTODOS: Se analizaron 113 secuencias del gen pol de pacientes costarricenses bajo tratamiento antirretrovírico de gran actividad mediante cuatro programas: Genotyping, REGA, Stanford y MEGA. Las secuencias pol analizadas provenían de 77 casos considerados fracasos virológicos (FV) y 36 muestras iniciales (MI). También se secuenció la región env de 22 de los 77 FV. RESULTADOS: No se encontraron diferencias importantes entre las variables estudiadas. No obstante, se observó una tendencia a una mayor variabilidad en los pacientes FV que tenían una elevada carga viral inicial. Con respecto al gen pol, 77-83 por ciento de las MI y 66-75 por ciento de las muestras de los FV eran del subtipo B puro según Genotyping y REGA, respectivamente. Las otras muestras presentaron variaciones relacionadas principalmente con la forma recombinante en circulación CRF-12 según Genotyping, con la CRF-17 o la CRF-29 según el análisis filogenético, o una nueva posible forma recombinante BD según todos los programas. Con el programa Stanford, todas las muestras variables reflejaron un subtipo B con elevado polimorfismo. La variabilidad de la secuencia env fue menor que la de la región pol. CONCLUSIONES: El subtipo B fue el predominante en los pacientes positivos al VIH en Costa Rica. Existe una alta variabilidad en las secuencias con una posible recombinación entre los subtipos B, y F o D. La forma recombinante BD no se había notificado antes. Esta elevada variabilidad parece ser el resultado de posibles eventos de recombinación, la falta de adhesión al tratamiento antirretrovírico, las relaciones sexuales sin protección y numerosas parejas sexuales. Se deben emprender estudios similares en otros países de la Región, en particular en los lugares con mucha inmigración, para reducir tanto la posibilidad de que el virus varíe como el costo del tratamiento antirretrovírico.(AU)es


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